Els orígens del monestir de Sant Quirze de Colera són bastant confusos. Hom admet que cap l’any 785 es van instal·lar en aquest lloc diversos membres d’una mateixa família (dirigits pels germans Libuci i Assinari) al cap d’altres persones i amb la finalitat de fundar un monestir.

Abans de l’any 815 van aconseguir un precepte reial on s’esmentaria ja el monestir, alhora que el feia beneficiari de diversos béns. Tot i la poca fiabilitat d’aquestes dades, s’han descobert importants elements arquitectònics i enterraments d’aquella època que demostren, si més no, la seva antiguitat.

Aquell precepte de Carlemany va significar el tret de sortida d’una sèrie de donacions i fundacions de parròquies sota la direcció del monestir de Sant Quirze.

L’any 1123, el bisbe Berenguer de Girona va presidir la cerimònia de consagració de la nova església i en aquell moment també es va esmentar l’església de Santa Maria. Ens els anys següents es continuaren registrant donacions importants a favor del monestir. El 1288 es lloc va patir els efectes del pas de tropes franceses.

Al segle XV comencen a trobar-se indicis de decadència, i de l’existència d’abats comendataris. Hi ha constància que el 1441 el claustre es trobava en perill de ruïna. El 1592 el monestir fou suprimit, extingint-se la comunitat i integrant-se amb el de Sant Pere de Besalú.

Amb l’exclaustració de 1835, els béns de Sant Pere de Besalú foren subhastats i Sant Quirze de Colera va passar a mans del militar Ramon de Nouviles. Els edificis foren utilitzats amb finalitats agrícoles i abandonat en ocasions. El 1931 fou declarat Monumento Nacional i en els darrers temps s’hi han fet obres de consolidació i restauració.