La construcció del monestir de Sant Miquel de Fluvià va iniciar-se a mitjan segle XI, i l’església fou consagrada l’any 1065. Del monestir només en resta l’església, l’actual parròquia de la població, un edifici que destaca per la seva grandiositat. De planta basilical, aquesta consta de tres naus dividides per unes pilars rectangulars i capçades per sengles absis semicirculars i amb un transepte força destacat. La volta de la nau central i la del transsepte és de canó, mentre que la de les laterals és de quart de cercle. Dels tres absis, coberts amb volta de quart d’esfera, en destaca el central, decorat amb set arcuacions adossades al mur.
Externament, aquesta capçalera triabsidal presenta la típica decoració llombarda; les arcuacions acaben en petites mènsules esculpides a manera de caps. La portalada actual d’estil goticorenaixentista i la rosassa, al damunt, sembla que pertanyen a una reforma del segle XVI. A la part meridional hem de suposar que hi havia el claustre de l’antic monestir i al seu voltant les diverses dependències monàstiques.
Aquesta església va ser fortificada en època baixmediaval o moderna; així ho indiquen els merits, les sageteres i els matacans a la part superior dels murs de l’edifici. El campanar, que recorda molt el de Santa Maria de Ripoll o Sant Martí del Canigó, és una alta torre romànica de planta quadrada situada a la part nord del creuer i separada de l’església. Presenta una decoració lombarda i frisos de serra.
L’interior del temple conserva una pila baptismal romànica, una pila beneitera del gòtic tardà i una imatge gòtica de la Verge amb l’Infant d’alabastre policromat, possiblement del segle XV.
