Vila-sacra está situado en el centro de la comarca del Alt Empordà, en la provincia de Girona.
El término municipal tiene una extensión de 6,02Km2. Limita al norte con los términos de Figueres y Peralada, al este con Peralada y Fortià, al sur con Fortià y el Far d’Empordà y al oeste con el Far d’Empordà y Figueres.