Río que drena al norte del Alt Empordà, desde que nace bajo el Pla de la Muga (1186 m d'altitud), al sur de la montaña de Montnegre (1425 m), en el límite entre el Vallespir y el Alt Empordà y poco después entra en Albanyà. El valle está rodeado de montañas en el primer tramo, un lugar idóneo para practicar la pesca fluvial en algunas de las múltiples pozas.

Es una de las aportaciones más importantes de agua al pantano de Boadella y al llegar al plano riega la fértil llanura de Pont de Mollins, Peralada y Castelló d'Empúries.

Desemboca en el Mediterráneo, en el tramo final haciendo de frontera entre los Aiguamolls de l'Empordà y Empuriabrava, donde se ha habilitado una vía verde verde para ir en bicicleta o pasear.